Badan Narkotika Provinsi (BNP) Kalimantan Timur berdiri pada tahun 2010 sesuai dengan peraturan Daerah Kalimantan Timur Nomor 18 Tahun 2009 tentang organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Provinsi Kalimantan Timur mempunyai tugas pokok membantu Gubernur dalam melakukan koordinasi,pengawasan, pengendalian, dan mendorong peran serta masyarakat yang berhubungan dengan ketersediaan, pencegahan dan pemberantasan penyalahgunaan dan peredaran gelap narkotika. Psikotropika, prekursor, dan bahan adiktif lainnya di daerah. Dengan terbatasnya SDM/Tenaga Kerja saat itu, BNP yang belum vertikal dan masih berada dibawah naungan Gubernur Kalimantan Timur membuat perumusan, perencanaan, pembinaan, koordinasi dan pengendalian teknis bidang pencegahan, penegakan hukum dan rehabilitasi, pengembangan sumber daya manusia dan informasi, penyelenggaraan urusan ketatausahaan dan Pembinaan kelompok jabatan fungsional.

Pada Tahun 2010, Provinsi Kalimantan Timur menduduki peringkat ke 2 dari 34 provinsi terhadap jumlah penyalahgunaan narkotika. Secara demografis, tidak ada satu lapisan masyarakat pun baik dari segi usia, jenjang pendidikan, jenis pekerjaan, status ekonomi dan sosial, suku, agama yang tidak pernah terjerat penyalahgunaan narkoba. Secara geografis, tidak ada satupun wilayah di Indonesia yang terbebas dari masalah penyalahgunaan dan peredaran gelap narkoba termasuk di wilayah Provinsi Kalimantan Timur. Pandangan ini membuat pemerintah provinsi Kalimantan Timur dan BNP Kaltim mengupayakan agar BNP Kaltim dapat memaksimalkan upaya P4GN dengan mengubah status Badan Narkotika Provinsi Kaltim menjadi Badan Narkotika Nasional Provinsi Kalimantan Timur yang vertikal sebagai Lembaga Pemerintah Non Kementerian dibawah BNN RI pada tahun 2012.

BNNP Kaltim beradasarkan Peraturan Presiden Nomor 23 Tahun 2010 dan Peraturan Kepala Badan Narkotika Nasional Nomor 3 Tahun 2015 mempunyai tugas melaksanakan tugas, fungsi, dan wewenang BNN dalam wilayah Provinsi  Kalimantan Timur. Mengoordinasikan perangkat daerah dan instansi pemerintah di Provinsi dalam penyusunan kebijakan dan pelaksanaan kebijakan operasional BNN di bidang ketersediaan dan P4GN, Membentuk satuan tugas sesuai kebijakan operasional BNN yang terdiri atas unsur perangkat daerah dan instansi pemerintah di Provinsi sesuai dengan tugas, fungsi dan kewenangannya masing-masing.

Dari segi kelembagaan BNNP Kaltim membawahi 3 (tiga) BNNK yaitu BNNK Samarinda dan BNNK Balikpapan serta 1 (satu) BNNK lagi yang baru terbentuk di bulan Oktober 2017 dan masih dalam proses penyusunan organisasi dan personil yaitu BNNK Bontang. Sementara wilayah Provinsi Kalimantan Timur terdiri dari 10 (sepuluh) kabupaten/kota. Sehingga masih terdapat 7 (tujuh) kabupaten/kota yang belum terbentuk BNNK. Hal tersebut menjadikan pelaksanaan progam P4GN oleh BNNP Kaltim menjadi kurang maksimal, mengingat luas wilayah daratan Provinsi Kalimantan Timur dan yang mencapai 127.267,52 km² dan luas wilayah lautan 25.656 km² dengan jumlah penduduk sebanyak 3.553.143 jiwa. Selain itu letak geografis Provinsi Kalimantan Timur yang berbatasan langsung dengan negara tetangga Malaysia mempunyai banyak akses/pintu masuk yang menjadikannya sangat rawan penyeludupan dan peredaran gelap narkoba.

Untuk mengatasi hal tersebut, dari tahun ke tahun,  BNNP Kaltim sebagai instansi vertikal BNN yang melaksanakan tugas, fungsi dan wewenang BNN dalam wilayah Provinsi Kalimantan Timur, dituntut untuk semakin gigih melakukan berbagai upaya strategis dalam rangka menekan peredaran gelap narkotika, terutama dengan menggerakkan partisipasi aktif seluruh komponen masyarakat dalam upaya Pencegahan dan Pemberantasan Penyalahgunaan dan Peredaran Gelap Narkoba (P4GN) di wilayah Provinsi Kalimantan Timur.